病例 #GEN-2023-0587

最后更新: 2023年6月15日 14:32

患者信息

张明 (男, 5岁)

出生日期: 2018-03-12

样本类型: 外周血

临床表型

发育迟缓 肌张力低下 癫痫

检测信息

检测项目: 全外显子组测序(WES)

检测公司: 华大基因

检测日期: 2023-05-20

质控分析

测序深度

通过

平均深度: 120x

>30x覆盖度: 98.7%

比对质量

通过

比对率: 99.2%

重复率: 8.3%

变异质量

通过

SNV数量: 12,345

INDEL数量: 1,234

质控指标趋势图

质控指标趋势图可视化展示

变异分析

变异分类统计

致病性

2

可能致病性

3

意义未明

12

可能良性

8

良性

25

临床相关变异

致病性

SCN1A c.1234G>A (p.Val412Met)

Dravet综合征相关基因

人群频率

0.0001 (gnomAD)

预测工具

致病性 (CADD=32)

临床证据

PS1, PM2, PP3

遗传模式

常染色体显性

可能致病性

MECP2 c.456del (p.Thr153fs)

Rett综合征相关基因

人群频率

0.0002 (gnomAD)

预测工具

可能致病性 (CADD=28)

临床证据

PM2, PP3

遗传模式

X连锁显性

意义未明

CDKL5 c.789A>G (p.Ile263Met)

癫痫性脑病相关基因

人群频率

0.001 (gnomAD)

预测工具

不确定 (CADD=18)

临床证据

BP4, PP3

遗传模式

X连锁显性

基因网络分析

基因相互作用网络可视化展示

关键基因通路

离子通道功能

SCN1A, KCNQ2, SCN2A

突触传递

STXBP1, SYNGAP1, SLC6A1

染色质重塑

MECP2, CDKL5, FOXG1

报告摘要

主要发现

  • 在SCN1A基因中发现一个致病性变异(c.1234G>A, p.Val412Met),与患者的癫痫表型高度相关。
  • 在MECP2基因中发现一个可能致病性变异(c.456del, p.Thr153fs),可能与患者的发育迟缓表型相关。
  • 在CDKL5基因中发现一个意义未明变异(c.789A>G, p.Ile263Met),需进一步功能验证。

诊断建议

基于检测结果,患者可能患有Dravet综合征(SCN1A相关癫痫性脑病)。建议进行详细的神经系统评估和SCN1A相关癫痫的针对性治疗。

管理建议

  • 避免使用钠通道阻滞剂类抗癫痫药物(如卡马西平、奥卡西平、拉莫三嗪等)。
  • 考虑使用丙戊酸、托吡酯、司替戊醇等药物。
  • 建议进行发育评估和早期干预治疗。
  • 建议进行家系验证和遗传咨询。

遗传咨询